Home

結界〈T〉の一里塚 —— 彷徨する系統樹思考者のために


●高座●


  • 帯広畜産大学「生物統計学」講義,2016年2月29日(月)〜3月1日(火)および特別セミナー:特別セミナー:三中信宏「分類学と系統学の体系思考法:多様性を可視化するダイアグラムの系譜」3月1日(火)16:30〜18:30@講義棟1階・5番講義室,帯広畜産大学
  • 第30回とよなかサイエンスBAR〉2016年2月5日(金)19:00〜21:00@DGCbase事務局(豊中市曽根東町):三中信宏「サイエンスとアートのはざまで:万物の多様性を可視化する伝統をたどる」
  • 橿原市昆虫館サイエンスカフェ〈酒米のルーツをさぐる〜DNAでさぐる日本酒米の起源〜〉2016年3月12日(土)13:30〜16:00@橿原市昆虫館(奈良県橿原市)※コメンテーター

●高座録画(YouTube)●


以下に公開する YouTube 動画ファイルは,2014年2月3日(月)〜5日(水)の三日間にわたって,九州大学大学院農学研究院(箱崎キャンパス)で私が行なった集中講義〈農業生物資源学特論第五 【分子系統学と形態測定学】〉を録画したものです(→アナウンス).集中講義の事前のタイムテーブルにしたがって動画ファイルは下記の通り分割されていますので,動画タイトルと講義内容の間に多少のズレがあることはご容赦ください.[謝辞]集中講義の撮影と動画編集をしていただいた九大スタッフのみなさんに深く感謝いたします.(2014年3月7日)

  • 2014年2月3日(月) ——
    1. 09:30〜10:30 系統推定論概論:系統樹による多様性情報の可視化 → YouTube
    2. 10:40〜12:00 ソフトウェアの導入と動作確認(MEGA, MrBayes, TNT, R, Mesquite) → YouTube
    3. 13:30〜15:00 形質データ行列の作成と分岐分析の演習 → YouTube
    4. 15:30〜17:00 生物統計学概論(1):統計モデル選択と計算統計学 → YouTube

  • 2014年2月4日(火) ——
    1. 09:30〜10:30 分子系統学(1):配列のアラインメント → YouTube
    2. 10:40〜12:00 分子系統学(2):分子進化の統計モデル → YouTube
    3. 13:30〜15:00 距離法・最節約法・最尤法の演習 → YouTube
    4. 15:30〜17:00 形質進化解析:種間比較法・系統地理学・共進化 → YouTube

  • 2014年2月5日(水) ——
    1. 09:30〜10:30 生物統計学概論(2):ベイズ統計学 → YouTube
    2. 10:40〜12:00 ベイズ法の演習 → YouTube
    3. 13:30〜15:00 形態測定学概論:サイズとシェイプの多変量統計学 → YouTube
    4. 15:30〜17:00 形態測定学演習/総括 → YouTube

  • 三中信宏・特別セミナー「目で見る多様性の体系:分類と系統はどのように描かれてきたか?」九州大学大学院農学研究院セミナー(九州昆虫セミナー・第17回),2014年2月4日(火)17:30〜19:00@九州大学(箱崎キャンパス)農学部21世紀プラザII・第2講義室 → YouTube

●講義●


2015年度・玉川大学農学部「分子系統進化学」講義の配布資料
1)2015年9月17日 → ガイダンス資料
  • 講義全体のガイダンス
  • 体系学概論:分類思考と系統樹思考
2)2015年9月24日 → 生物体系学概論
  • 使用ソフトウェアの紹介とインストール
    1. MEGA: 距離法・最節約法・最尤法による分子系統推定ソフトウェア
    2. PAUP*: 最節約法・最尤法・距離法による系統推定ソフトウェア
    3. MrBayes: ベイズ法による分子系統推定ソフトウェア
    4. TNT: 最節約法による系統推定ソフトウェア
    5. Mesquite: 系統樹解析と形質進化解析のツール
    6. TreeView: 系統樹描画ツール
    7. FigTree: 系統樹描画ツール
  • 視覚言語としての系統樹の読み書き
3)2015年10月8日 → 系統推定論の原理と方法
  • 図形言語としての系統樹の情報内容と表示法
  • 単系統性,共通祖先,形質進化
  • 系統樹上で分子配列の進化をたどる
4)2015年10月15日 → 参考図書リスト
  • 分子配列のアラインメントの論理と方法
  • MEGA を用いたアラインメントの実習
5)2015年10月22日
  • DNA塩基配列間の「距離(非類似度)」の定義
  • 距離法に基づく分子系統樹の推定法
  • MEGA を用いた近隣結合法の実習
休)2015年10月29日[休講]※分子系統ワークショップ(つくば)開催のため
6)2015年11月5日
  • 最節約基準のもとでの系統樹の樹形推定と祖先形質状態の復元方法の解説
  • MEGAを用いた最節約法の実習
補)補講日:2015年11月14日(土)11:00〜12:50@大学教育棟512教室
  • パラメトリック統計学についての講義
  • 塩基置換モデル(Jukes-Cantor model)の論理と導出
7)2015年11月19日→ 統計学的思考とは何か?
  • 最尤法による分子系統推定のための分子進化モデルの選択についての解説
  • 統計モデルの概論と尤度によるデータとモデルの適合度の評価
8)2015年11月26日
  • AICによる分子進化モデル選択論
  • MEGAを用いた最尤系統樹推定の実習
9)2015年12月3日
  • 系統推定における信頼性評価法の解説
  • ブーツストラップ法の原理の説明とMEGAを用いての実習
10)2015年12月10日
  • 塩基配列データとアミノ酸配列データを用いた演習 → データ1データ2
  • データ行列編集から系統樹出力,描画まで
11)2015年12月17日→ ベイズ統計学
  • ベイズ統計学に関する解説
  • Bayesian Coin Tosser と MC Robot による Bayesian MCMC の実習
  • MrBayes のインストールと説明
12)2016年1月7日
  • 分子系統推定法それぞれの長所と短所の比較
13)2016年1月14日
14)2016年1月21日
  • 分子系統樹の共進化解析・生物資源探査・生物多様性評価への応用
  • 総括

※講義時間は毎週木曜第3〜4限(11:00〜12:50),教室は大学8号館325教室

※毎回の講義ではパソコン(Windows PC)を用いた実習を行なう.実習で用いるソフトウェアやデータはUSBメモリーで配布するが,学内無線LANが利用できる設定をしておくこと.


・文化系統学 — 考古学・先史学への系統学的アプローチ
2006年1月〜2007年1月開講 → 講義用ページ書評

・系統学的考古学 — 考古学データに基づく遺物の系統推定論
2005年4月〜2006年1月開講 → 講義用ページ

●イベント●


第196回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉2015年10月28日(水)〜30日(金)

第188回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉2014年11月5日(水)〜7日(金),stamboomTogetter

第176回農林交流センターワークショップ〈分子系統学の理論と実習〉2013年11月6日(水)〜8日(金),stamboom | Togetter

第166回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉2012年10月31日〜11月2日.stamboomTogetter

第155回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉2011年10月26日〜28日.stamboomTogetter

第147回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉2010年8月23日〜25日.stamboom

第141回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉2009年11月4日〜6日.stamboom

第131回農林交流センターワークショップ〈分子系統樹推定法:理論と応用〉2008年10月6日〜8日のコンパニオンサイト


●資料●


○分子進化の確率過程

  1. 確率過程概論(分子進化モデル)
  2. 最尤法とベイズ法の関係
  3. 尤度とAIC(ModelTestを用いたデモ)

テストデータ(PAUP*/MacClade)

○系統推定の効率化

  1. Parsimony Ratchet: 高速最節約法について
  2. BALANCE を用いた巨大系統樹推定[準備中]

○系統推定における統計学的手法

  1. 導入
  2. Bootstrap / Jackknife / PTP / T-PTP / ILD
  3. 樹長分布
  4. 崩壊指数

○参考文献とソフトウェア

  1. 生物体系学関連文献リスト
  2. 簡略紹介版[old]
  3. 教科書および参考書リスト(分類リンク版)[old]

○曼荼羅集

  1. A Taxonomy-Evolution Chart 1930-1975 → pdf | caption (22 February 2011)
  2. The Evolutionary Synthesis Chart 1930-1980 → pdf | caption (22 February 2011)

Analytical Notes on Nelson and Platnick's Systematics and Biogeography (1981)

The Willi Hennig Society Meeting Reports [In Japanese]  *new*


 →その他のハンドアウト類は〈三中信宏・体系学講義のハンドアウト倉庫〉に格納しました.

Last Modified: 22 April 2016 by MINAKA Nobuhiro