08. パッケージ・ライブラリ


パッケージ・ライブラリ

R は関数とデータを機能別に分類してパッケージ(ライブラリ)という形にまとめている.どのようなパッケージが用意されているかは,関数 library() を実行することで知ることが出来る.

 
 library()  

標準では例えば以下のパッケージが利用出来る.

パッケージ名

説明

base

R の基本パッケージ

boot

ブートストラップに関する関数パッケージ

class

Classification に関する関数パッケージ

cluster

クラスター分析用関数パッケージ

foreign

R 以外の統計ソフト ( SAS など) で作成されたデータファイルからデータを読むパッケージ

grid

グリッド・グラフィックス・パッケージ

KernSmooth

カーネル関数による密度推定用関数パッケージ

lattice

ラティス・グラフィックス関数パッケージ

MASS

『Modern Applied Statistics with S』に出てくるデータセットと関数パッケージ

methods

R のオブジェクト用に定義されたメソッドやクラス, プログラミング・ツールのパッケージ

mgcv

多変量平滑化パラメータ推定 (GCV,GAM) パッケージ

nlme

線形混合効果モデル及び非線形混合効果モデル用のパッケージ

nnet

フィード・フォワード・ニューラル・ネットおよび多項式の対数線形モデルパッケージ

rpart

再帰アルゴリズムによる分類と回帰樹(regression trees)に関するパッケージ

spatial

クリギングと点パターン解析パッケージ

splines

スプライン回帰パッケージ

stats

R の統計パッケージ

stats4

S4 クラスの統計関数

survival

生存時間解析に関するパッケージ

tcltk

Tcl/Tk へのインターフェースパッケージ

tools

パッケージ開発と管理用ツールパッケージ

utils

R のユーティリティパッケージ

標準パッケージ以外にも 600 以上の拡張パッケージが用意されており(2006年1月現在),自由にインストールして使用することが出来る.各パッケージの詳しい説明は以下のコマンドで表示される.

 
 library(help="パッケージ名")  

標準で検索リストに登録されているパッケージ (例えば base ) はそのまま使うことが出来る.それ以外のライブラリを使用するには,パッケージ名を引数とするlibrary(パッケージ名)を実行すれば良い.

 
 library()  

 現在読み込んでいるパッケージの一覧を見る

 
 search()  

 パッケージ rgl を呼び出す

 
 library(rgl)  

 呼び出した パッケージ rgl を使ってみる

 
 example(rgl.surface)

 n <- 100
 rgl.clear()
 rgl.bg(color=c("white", "black"))
 rgl.spheres(rnorm(n), rnorm(n), rnorm(n), radius=0.2, color=rainbow(10))
 rgl.bbox(color="#333377")

 読み込んだパッケージ rgl の詳細情報を見る

 
 library(help="rgl")
 help(package="rgl")  

 パッケージ rgl を unload する場合

 
 detach("package:rgl")  

 CRAN 上のパッケージから自分の環境にあるパッケージをアップデートする場合は,関数 update.packages() を用いればよい.

 パッケージにある関数やデータセットに関するヘルプを表示する場合は以下のようにする.

 
 help.search("solve")           # solve という機能がある関数の情報を得る
 help(package="MASS")           # パッケージ 'MASS' に関する関数の一覧
 base::log                      # base パッケージ中の関数 log の情報を得る
 base::"+"                      # base パッケージ中の演算子 "+" の情報を得る
 grid::grid.newpage()           # grid パッケージを自動ロードするのでエラーにならない
 data()                         # 使用可能なデータセットを表示
 data(package = "base")         # パッケージ base で使用可能なデータセットを表示
 data(USArrests, "VADeaths")    # データセット 'USArrests' と 'VADeaths' をロード
 help(USArrests)                # データセット 'USArrests' に関するヘルプ

拡張パッケージのインストール

R-Project の CRAN から拡張パッケージをインストールすることも出来る.日本語によるパッケージの簡単な説明は RjpWiki の CRAN パッケージリストから見ることが出来る.CRAN から特定のパッケージをインストールする場合,まず CRAN の URL を関数 CRAN.packages() で設定した後,関数 install.packages() でパッケージを指定する.以下の例では,依存関係を考慮しつつ(dep=T),パッケージ xtable をインストールしている.

 
 options(CRAN="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/")
 options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp/")

 install.packages("xtable", dep=T)

圧縮ファイルからパッケージをインストールする場合は,関数 install.packages() でファイルのパスを指定してインストールする.以下では例としてパッケージ adapt_1.0-3.zip をインストールしている.

 
 install.packages("cubature_1.1-1.zip", repos=NULL)

Windows 版 R ならば,GUI のメニューから簡単にパッケージをロードしたり,インストールしたりすることが出来る.まず,メニューの [パッケージ] から [パッケージのインストール] を選択する.

 関数 installed.packages() と同じ機能.

次に,CRAN のミラーサイトを選択する.通常は日本のミラーサイトを選択すればよい.

 関数 CRAN.packages() と同じ機能.

すると,どのパッケージをインストールするかを選択するダイアログが表示されるので,選択してから 〔OK〕 をクリックする.すると,ダウンロードが開始され,パッケージがインストールされる.

また,パッケージを呼び出す場合,まずメニューの [パッケージ] から [パッケージの読み込み] を選択する.

すると,読み込むパッケージを選択するダイアログが表示されるので,選択してから 〔OK〕 をクリックすればよい.

企業の Windows マシンで R を使っている場合で,プロキシサーバでインターネットにアクセスしている場合は,R のショートカットのプロパティの「リンク先」の後ろに「 --internet2 」を追加する必要がある.

(例:"C:\Program Files\R\R-2.2.1\bin\Rgui.exe" --internet2 )

Mac OS X 版 R の場合でも,GUI のメニューから簡単にパッケージをロードしたり,インストールしたりすることが出来る.まず,メニューの [パッケージとデータ] から [パッケージインストーラ] を選択する.

次に,〔一覧を取得〕 をクリックする.すると,どのパッケージをインストールするかを選択するダイアログが表示されるので,選択してから [OK] をクリックする.すると,ダウンロードが開始され,パッケージがインストールされる.

パッケージを呼び出す場合,まずメニューの [パッケージとデータ] から [パッケージマネージャ] を選択する.

すると,読み込むパッケージを選択するダイアログが表示されるので,目的のパッケージのチェックボックスにチェックを入れ,〔一覧の更新〕 をクリックすればよい.